2024年7月，杜克大学Nicholas Morffy等东谈主在Nature杂志上发表了题为 “Identification of plant transcriptional activation domains”的著述，该琢磨基于植物激活域结构断然履行(PADI)和神经收集模子(TADA)，揭示了植物转录因子ADs结构域的序列特征，并通过孕育素反馈因子分析考据了ADs的保守性。
转录因子(Transcription factors, TFs)一般含有DNA衔尾结构域和转录激活扣构域(Activation domains，ADs)，通过绑定DNA序列和招募弘扬转录激活或扼制功能的分子伴侣弘扬作用。
著述主要本色笼统
植物激活扣构域断然履行
神经收集模子构建
PADI和TADA灵验性考据
ADs的进化保守性探究
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琢磨东谈主员聘请酵母高通量抒发的政策，从数千个转录因子中断然出了1553个ADs，这些ADs在不同转录因子眷属均分散并不均匀，大王人定位在卵白的N或C终局，在结构上倾向于内在无序区域。
图1.已断然ADs的拟南芥转录因子
图2.拟南芥转录因子高通量筛效果
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该琢磨基于42个序列特征和深度学习，建树出神经收集模子TADA，为IDRs卵白与其序列模块之间的生物物理模子和收集相关性提供了分析框架，并断然出了6个枢纽序列结构模块，为后续进一步琢磨ADs的枢纽模块提供基础。
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图3.哄骗激活域序列特征构建掂量模子
图4.六种不同的序列特征的不同的构成偏好
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琢磨哄骗拟南芥中9个长度小于100aa的ADs进行了功能琢磨，并对拟南芥孕育素反馈因子(Auxin Response Factor，ARF)眷属23个成员进行测定，发现PADI不错用来断然一个特定转录因子眷属的ADs区域，而况能在不同细胞和组织类型中检测ADs，进行功能分辩。
图5.已断然激活域的考据
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琢磨选择11种吐花植物ARF基因的A分支进行了分析，效果表露ADs的功能不仅跟序列相关还跟其所处位置相关，同期说明了拟南芥中建树的PADI掂量系统相通适用于其它吐花植物，揭示了ADs的功能和结构位点在进化中的保守性。
图6. ARF 眷属中激活域的进化规则琢磨
总而言之加拿大pc28官网开奖网址蛋蛋，琢磨秉承酵母文库筛选的门径，在卵白水平上断然拟南芥转录因子的转录激活扣构域，构建了神经收集掂量模子，不错精确掂量转录激活扣构域并识别招募共激活因子，为探究转录激活扣构域提供了有劲器具。
